이번에 설치되는 과학영재교육원은 국가 과학영재교육체계를 강화하고 지역별로 균등하게 과학영재교육 기회를 제공하기 위하여 전국공모(20개 대학 신청)를 통해 운영계획의 우수성 및 발전가능성 등 수월성 위주의 기준으로 3단계 평가(과학영재교육추진위원회, 과기부) 및 중앙영재교육진흥위원회의(교육부) 심의를 거쳐 수도권 지역 내 경원대학교(성남), 대진대학교(포천)를, 그리고 그 외 전국지역에 국립경상대학교(진주) 및 국립목포대학교(무안)를 선정하였다.
과학영재교육원은 지역 내 초·중등 과학영재를 대상으로 주말 및 방학을 이용하여 연간 100시간 내외의 교육을 하고 있으며, 연간 3,500명이 교육 혜택을 받고 있다.
과학영재교육원은 98년부터 서울대를 비롯한 15개 대학에 설치하여 운영하던 과학영재교육센터를 2002년 영재교육진흥법에 의거하여 과학영재교육원으로 지정·전환하였으며, 2003년에 4개 과학영재교육원을 추가 지정하여 현재 19개 대학에서 운영하고 있다.
98년부터 지금까지 약 1만 5000명의 과학영재들을 교육하였는데 과학영재교육원을 졸업한 학생 중 약 24%가 과학고로 진학하였고, 과학영재학교(정원 144명)로는 2003년에는 85명(59%), 2004년에 98명(68%)이 진학하는 등 과학영재 육성의 산실 역할을 해 왔다.
향후, 과학기술부는 과학영재교육 대상의 지속적 확대와 지역적 접근성을 높이기 위하여 2006년까지 30개로 확대 설치하여 과학영재들이 사장되지 않고 잠재력을 최대한 계발할 수 있는 교육환경을 제공해 나갈 예정이다.
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