참여연대는 의견서에서 “통신사실확인자료 수집은 헌법 제17조의 사생활의 자유 중 자기정보관리통제권을 침해하여 당사자의 동의가 없는 한 강제수사에 해당”하므로 반드시 영장주의를 적용하는 것이 타당하며, 권력분립의 원칙에도 적합하다고 주장했다. 또한 현행 통신비밀보호법이 통신사실확인요청을 사실상 무제한적으로 허용하고 있다고 비판하고 이에 대한 요건을 두지 않을 경우 영장주의가 무용한 제도로 전락할 수 있으므로 일정 형량을 기준으로 보다 엄격한 요건을 둬야 한다고 지적했다.
통신사실확인 요청의 통지와 관련해서도 통지는 자기정보통제관리권과 관련하여 중요하므로 통지시점을 통신사실확인요청 후 일정기간 내로 규정하고, 예외적인 경우 통지시점을 연장할 수 있도록 해야 한다고 참여연대는 밝혔다. 이밖에도 통신사실확인자료의 폐기 방법과 절차에 관하여 구체적인 규정을 마련하여 자료의 유출염려가 없도록 해야 하고, 통신제한조치와 통신사실확인요청은 별도로 규율하는 것이 타당하며 통신사실확인요청에 대한 법원의 허가를 얻을 때 요청사항을 구체적으로 한정하도록 해야한다고 주장했다.
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