아리마 지노믹스, 고객 검증 완료하고 아리마-HiChIP 키트 및 서비스 출시
이 애플리케이션이 출시됨에 따라 연구원들은 단일 실험에서 나온 목적 단백질이 차지하고 있는 게놈 위치에서 특별히 강화된 장기적인 염색질 상호작용을 확보하여 적은 비용으로 의약품 발굴과 논문 발표 속도를 높일 수 있게 된다.
이번 출시는 시장 요구를 더욱 증명하고, 증진된 품질 관리를 통해 제품 성과를 향상시키며, 고객의 인정으로 귀중한 피드백을 제공하는 시장의 성공적인 개척과 베타 테스팅 프로그램을 끝내게 한다. 타마스 오르독(Tamas Ordog) 메이오 클리닉(Mayo Clinic) 생리학 교수는 “아리마 HiChIP 프로토콜을 통해 데이터를 확보해 매우 기쁘다”며 “그 결과는 대단한 재생성과 우수한 전반적 품질을 나타내며, 키트는 시간과 염기서열화 비용을 절감한다. 우리는 특히 복잡하지 않은 품질 관리 과정과 전반적으로 사용하기가 간편한 점을 높이 평가한다. 아리마 HiChIP는 가치가 매우 높다”고 말했다. 케이스 웨스턴대학교(Case Western University) 교수 겸 케이스 종합 암센터(Case Comprehensive Cancer Center) 일원이며 주요 여론 주도자인 피터 스카체리(Peter Scacheri) 교수는 “아리마- HiChIP데이터의 유익한 정보와 품질에 만족하고 있다”고 말했다.
HiChIP데이터는 유전자 조절의 기계적 토대와 그것이 결국 어떻게 질병 상태에 이르게 되는지를 알려줄 수 있다. 로렌조 푸리(Lorenzo Puri) 샌포드 번햄 프레비스 의학연구소(Sanford Burnham Prebys Medical Discovery Institute)의 개발, 노화 및 재생 교수는 “H3K27ac 또는 H3K4me4 HiChIP를 통해 활성 염색질 특성을 강화하면 건강한 상태나 노화 또는 근육 위축병 같은 질환 환자의 근육이 재생하는 과정에서 정지 상태에서 재생하는 근육 섬유로 분화하는 방향으로 이행하는 동안 근육 줄기 세포의 유전자를 억제할 수 있게 하는 고해상도의 염색질 루핑(looping) 발생을 발견할 수 있게 한다”고 말했다.
과학계는 상업적으로 입증된 키트가 없는 가운데 HiChIP의 가치를 인정하고 이 생화학 물질을 각자 자가 제작해 왔다. 샌프란시스코 소재 캘리포니아대학교의 인 쉔(Yin Shen) 조교수는 “과거에 HiC와hIP-Seq을 각기 따로 실험해서 구했던 중요한 식견을 HiChIP가 제공하기 때문에 우리는 이를 자체적으로 제작해 왔다”며 “아리마- HiChIP는 우리가 과거 자체 제작한 버전으로 실패했던 매우 까다로운 분화된 신경세포 샘플을 가지고도 우수한 데이터 품질과 재생성을 생성하여 상당한 수준의 반복 비용을 절감하게 했다”고 밝혔다.
초기 고객들이 생성한 피드백과 데이터도 HiC와 ChIP-Seq 같은 관련 분석 맥락에서 HiChIP가 차지하는 위치를 이해하게 하는 데 도움이 됐다. 특히 HiC는 게놈 조직의 전반적인 프레임워크를 반영하는 반면 HiChIP는 연구 대상의 특정 게놈 위치에서 유래하는 표적 염색질 상호작용을 풍부하게 한다. 연구원은 연구의 필요조건에 따라 종합적인 HiC나 해상도가 더 높은HiChIP 또는 이들 모두를 활용할 수 있다. 푸리 교수는 “이 HiChIP데이터를 우리의 게놈 전체 HiC데이터와 결합하여 분석하는 것은 유전자 조절에 영향을 주는 보다 넓은 구획화 및 위상적 프레임워크뿐만 아니라 특정 주변 유전자의 전사를 조절하는 요소(cis-regulatory element) 사이의 연결을 더 미세한 해상도로 파악하는 데 매우 중요하다”고 덧붙였다.
중요한 것은, HiChIP에서 얻은 염색질 상호작용 데이터는 게놈이 내재적으로 3차원에서 접히는(folding)(그리고 잘못 접히는) 것을 반영하기 때문에 재배열된 암 염색체에서 조절되지 않은 유전자의 여러 양상도 알려 줄 수 있는데 이는 전통적인 ChIP-Seq실험에서는 없는 중요한 식견이라는 것이다. 스카체리 교수는 “우리는 암 게놈 전반에 걸쳐 염색체 내부의 cis조절 상호작용뿐만 아니라 재배열된 염색체 사이의 이소성(異所性) cis조절 상호작용도 관찰할 수 있다. 이 데이터는 암에서의 유전적 및 후성적 드라이버 이벤트(driver event) 사이의 관계를 더 상세히 기술할 수 있게 할 것”이라고 덧붙였다.
회사는 데이터 분석에 대한 고객의 요구에 부응해 MAPS같이 의료계가 인정한 공개 소스 생물정보학 툴을 최적화하기 위해 학계 파트너들과 협업했다. 아리마 MAPS파이프라인은 쉽게 이해할 수 있는 품질 관리 통계를 자동적으로 출력하고, 사용자가 진행 버튼을 누르면 게놈 브라우저에서 곧바로 시각화할 수 있는 염색질 상호작용 온도지도(heatmap)와 아크 플롯(arc plot)을 생성한다. 회사는 데이터 분석을 능률화할 뿐만 아니라 샘플에서 발견 및 결과물 발표에 이르는 과정을 신속하게 처리하도록 하는 지속적인 노력의 일환으로 고객 서비스와 지원 경험을 향상시키는데 역점을 두고 있다. 오르독 교수는 “아리마 기술지원 팀은 지금까지 두각을 나타냈다”고 덧붙였다.
회사는 단일 보편적 키트를 통해 HiC와 HiChIP가 모두 가능하게 하기 위해 기존 아리마-HiC 플랫폼을 바탕으로 HiChIP를 개발했다. 또한 회사는 이들 키트를 전 세계에서 접근할 수 있도록 하기 위해 상업 팀의 운영을 확대하고 강화했다. 조세프 스파이들(Joseph Spidle) 아리마 지노믹스 상업 이사는 “고객이 인정한 아리마-HiChIP키트와 서비스의 출시는 목표로 하는 HiC접근법을 상용화하고 전통적 ChIP-Seq을 향상시킬 수 있게 하기 때문에 크게 의미 있는 일”이라며 “우리는 기본적인 연구와 질병관련 연구를 촉진하기 위한 게놈 구조에 대한 식견을 민주적으로 가용화함으로써 아리마-HiC 플랫폼에 의미 있고 과학적으로 적절한 애플리케이션을 추가하는데 목적이 있다”고 말했다.
아리마 지노믹스(Arima Genomics) 개요
아리마 지노믹스는 유전자 염기서열 및 구조에 대한 이해를 가속화 하는 데 전념하는 바이오테크 회사이다. 회사에 대한 자세한 정보는 www.arimagenomics.com 를 참조하면 된다.
비즈니스 와이어(businesswire.com) 원문 보기: https://www.businesswire.com/news/home/20200316005137/en/
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웹사이트: https://arimagenomics.com/
연락처
아리마 지노믹스(Arima Genomics, Inc.)
시다르트 셀바라지(Siddarth Selvaraj)
CEO
sid@arimagenomics.com
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