KAIST 이상엽 교수, 획기적인 단백체 분석 기술 개발

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2005-11-09 09:30

대전--(뉴스와이어)--KAIST(총장 로버트 러플린) 생명화학공학과 이상엽 교수(李相燁, 41, LG화학 석좌교수)가 작은 열충격 단백질의 세포외 단백질 분해 저해 기능을 적용하여 획기적으로 향상된 새로운 단백체 분석 기술을 개발했다.

포스트 게놈 시대의 가장 주목 받는 연구 분야로서, 또한 시스템 생물학의 중심이 되는 한 분야로서, 세포의 생리적 변화를 단백질 수준에서 관찰할 수 있는 단백체(프로테옴) 연구에 대한 관심이 집중되고 있다. 단백체 연구의 가장 핵심적인 기술은 세포, 조직, 또는 생물체 유래 샘플을 폴리아크릴아마이드젤(polyacrylamide gel) 상에서 2차원 전기영동방법으로 분리하는 것이다. 이때 전체 단백질들을 분석할 수 있도록 단백질 분해를 막는 것이 매우 중요하다.

이제까지 다양한 단백질 분해 저해제들이 개발되어 실험에 사용되어 왔다. 하지만, 단백체 분석시 2차원 전기영동된 젤(gel)에서는 단백질 분해 등의 현상으로 인해 게놈에서 예측되는 숫자보다 훨씬 적은 수의 단백질들이 발견되어 전체 단백질 대상 연구에 한계를 드러냈다.

과학기술부 시스템생물학 연구개발사업으로 진행된 이 연구에서 李 교수팀은 대장균의 전체 전사체와 단백체를 분석하고, 이들을 대사 및 조절회로에 연관시키는 과정에서 작은 열충격 단백질의 새로운 기능을 발견하게 되었다.

직접 대장균에서 작은 열충격 단백질을 생산ㆍ정제하고, 이를 이용한 세포 밖 시험관 (in vitro)에서 작은 열충격 단백질이 다양한 효소에 의한 단백질 분해를 효율적으로 억제함을 규명하였다.

또한, 다른 종에서 유래한 작은 열충격 단백질들도 마찬가지로 단백질 분해를 억제하는데 사용될 수 있음도 밝혀냈다.

李 교수팀은 단백체 연구의 핵심기술 중의 하나인 2차원 전기영동시 단백질이 분해되어 변형되거나 없어지는 문제를 해결하고자 이 발견된 기술을 적용하였다. 2차원 전기영동시 작은 열충격 단백질 첨가로 단백질 분해 현상을 저해시킬 수 있음을 밝혀내었다.

기존에 알려진 단백질 분해 저해제를 적용하였을 때는 검출 되지 않았던 단백질들도 이 새로운 방법을 이용하였을 때 검출 가능하였다. 최고 50% 이상 증가된 숫자의 단백질들이 보일 정도로 획기적인 기술로 평가된다.

또한, 이 방법을 미생물뿐 아니라 사람, 식물 유래의 다양한 단백질 시료에도 적용하여 모든 경우에서 그 효과를 확인함으로써, 이 기술이 매우 광범위한 단백질 시료에 적용 가능함을 보여 주었다.

기존의 방법으로 검출 되지 않았던 단백질들이 새로 개발된 방법으로 검출 가능하므로 단백체를 이용한 세포내 생리 변화 관찰 또는 질병 진단 표지 개발 등에 상당한 고성능의 분해능을 제공해 줄 수 있다. 李 교수는 “모든 단백체 분석에 적용이 가능한 이 기술이 향후 단백체 연구 분야에 획기적인 발전을 가져올 것으로 기대한다”고 말했다.

이 기술은 현재 전 세계 특허 출원/등록 중이고, 미국화학회 (American Chemical Society)에서 발간하는 단백체 분야의 권위 있는 학술지인 저널 오브 프로테옴 리서치 (Journal of Proteome Research)에 실리게 되며, 온라인 판에 게재 되었다.

<용어설명>

① 단백체 (Proteome) : 하나의 세포나 조직 등에 있는 전체 단백질을 의미 하는 용어로서 단백질(Protein)과 전체(ome)의 합성어이다. 유전자(gene)와 그 전체를 의미하는 genome의 관계와 같은 개념이다.
② 작은 열충격 단백질(small heat-shock protein) : 원핵생물, 진핵생물 모두가 가지고 있는 단백질로, 외부환경 변화에 따른 스트레스가 주어졌을 때 많이 발현 되며, 약 15에서 30 kDa의 작은 분자량을 가지는 단백질이다. 이 교수는 이 작은 열충격 단백질을 이용하여 대장균에서 단백질을 자유자재로 생산하는 방법도 개발한 바 있다.
③ 2차원 전기영동법 : 단백질 2차원 전기영동법은 한 세포 또는 조직에 포함되어 있는 수천의 단백질들을 효과적으로 분리해주는 방법으로 1975년 O’Farell이 고안하였다. 단백질이 가진 2가지 특징인 전하와 분자량의 차이를 이용하여 등전점 전기영동(Isoelectric Focusing)을 하여 분리한 후, SDS-전기영동(SDS-PAGE)으로 분자량에 따라 분리하는 방법이다.
④ 전사체(Trascriptome) : 전사(Transcription)와 전체(ome)의 합성어로서, gene과 genome의 관계, protein과 proteome의 관계와 같은 개념이다. 한 세포나 organism에서 유전자들이 발현될 때 생기는 전체 transcript (mRNA)를 표현한 말이다.

웹사이트: http://www.kaist.ac.kr