제주특별자치도중소기업종합지원센터는 도내 중소기업에 대하여 애로사항 해결 및 자금, 인력, 경영, 교육, 특산품 전시판매, 창업 등의 지원사업을 통하여 중소기업의 경영여건 개선과 지역경제 활성화를 도모하기 위해 노력하고있다. 크게 중소기업판로지원, 소상공인지원센터운영, 지역혁신특성화사업, 공인인증서비스, 사무실 및 회의장 임대, 청년취업인턴제 업무를 하고있다. 특히 센터내에 제주특산품 전시판매장과 제주특산물 쇼핑몰 e제주몰을 운영하여 제주상품의 청정성과 우수성을 대내외에 알리고 지역상품 매출을 확대하고 있다.