1999년 1월 29일 제정·공포된 ‘정부출연 연구기관 등의 설립·운영 및 육성 등에 관한 법률’(법률 5733)에 의거, 1999년 5월 한국과학기술연구원 부설 과학기술정책관리연구소와 산업기술정책연구소의 정책연구 기능을 통합하여 경제사회연구회 소속 과학기술정책연구원으로 새롭게 발족하였다. 주요기능은 ① 과학기술정책을 담당하는 정부 부처 및 유관 기관에 문제해결적 정책대안 제시 ② 산업의 기술발전 및 기업의 기술개발 능력 향상을 위한 전략 제공 ③ 과학기술정책 동향, 과학기술지표 등 관련 정보·자료를 관련 기관 및 일반 수요자에게 공급 ④ 과학기술정책에 관한 정책연구의 국내 거점 역할 수행 등이다.
